Spørsmål:
Gnister under elektroporering av plasmid-DNA i bakterieceller
notalily
2012-10-09 06:01:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Under elektroporering av bakterieceller (jeg jobber med Mycobacterium tuberculosis , men jeg tror dette gjelder også E. coli ), noen ganger blir jeg gnistende. Jeg har lest at dette skyldes salter som er tilstede, enten i DNA-prøven eller bakteriene.

Jeg bruker Qiagen plasmid prep kit, som inkluderer EB (Elution Buffer). Dette inneholder Tris-Cl. Kan dette bidra til gnisten? Kan du forklare hvordan dette fungerer? Reduserer eluering med vann i stedet for EB sjansene for gnister?

Hvilke medier er bakteriene i under elektroporering?
To svar:
Royco
2012-10-09 23:10:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Etter min erfaring har ikke elueringsbufferen noen betydning (både for E.coli og Mycobacteria). Jeg har hørt dette før fra kolleger, men det er vanligvis basert på overtro eller anekdotiske bevis. Jeg har sammenlignet vann / EB-eluering og har aldri sett noen forskjell i gnisting (faktisk får jeg vanligvis litt flere kolonier med EB).

Når jeg får lysbuer (gnister), er det vanligvis fordi jeg ikke vasker nok, har bobler eller må ha mange bakterier. Bue er en kollaps av motstand.

Justin
2013-08-27 03:11:51 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Gnisting oppstår fra å ha for mange salter eller mulig ikke nok løsning. Etter å ha finjustert elektroporering for veldig store mengder DNA (16+ ug), har jeg funnet å hjelpe:

  • Forsikre deg om at du bruker riktig mengde væskeoppløsning til å transformere. For lite vil ende opp med å gnist
  • Rydd opp i DNA-et. Jeg vasker med dobbelt så mye som anbefalt buffer PE, men jeg har ikke gode bevis på hvor mye den andre PE-vasken hjelper
  • Eluer DNA-rensingen din med vann
  • Slipp dialyser DNA. Dette er trolig det viktigste trinnet for å forhindre lysbue


Denne spørsmålet ble automatisk oversatt fra engelsk.Det opprinnelige innholdet er tilgjengelig på stackexchange, som vi takker for cc by-sa 3.0-lisensen den distribueres under.
Loading...