Spørsmål:
Hva er variasjonen i tRNA-genkopi mellom forskjellige gjærstammer?
Greg Slodkowicz
2012-02-08 15:39:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg begynte nettopp å jobbe med å forutsi proteinnivåer i steady-state fra forskjellige tiltak for kodonbruk. Jeg har helgenomsekvenser (det er NGS-data) fra forskjellige stammer av S. cerevisiae og S. paradoxus og jeg begynte å lure på om det er mulig at forskjellige stammer av samme art kan ha forskjellige kopier av tRNA-gener? I så fall ville dette være påvisbart i sekvenseringsdataene (antagelig ble lesingene kartlagt på et referansegenom, så kanskje denne kopianummervariasjonen ville gå tapt)?

Hvilken type sekvenseringsdata har du? Snakker vi om RNA-seq eller DNA?
Jeg vil stille dette spørsmålet på BioStar. De kan ha bedre ideer enn vi bare eksperimentelle.
seetRNAomics: variasjon av tRNA-genkopianummer og kodonbruk gir bioinformatisk bevis på et nytt anticodon: codon-wobble-par i en eukaryot. Iben JR, Maraia RJ. RNA. 2012 jul; 18 (7): 1358-72. doi: 10.1261 / rna.032151.111. Epub 2012 14. mai.
To svar:
Larry_Parnell
2012-02-23 21:04:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg tar den beregningsvinkelen og kjører sekvensdataene gjennom tRNAscan-SE (Lowe & Eddy, Nucl Acids Res 25: 955-964). Ideelt sett installerer du dette lokalt. Dette verktøyet er hva UCSC-folk bruker, og det har vært den mest kjente, mest brukte tRNA-prediktoren i mange år. Det er det vi alle brukte på Arabidopsis thaliana-genomkommentarer på slutten av 1990-tallet.

Det er også en genomisk tRNA-database som kan ha mange av spådommene du søker, i det minste for noen av artene / stammene dine.

Jeg tror ikke dette vil fungere siden det er NGS-data samlet mot et referansegenom. Jeg kjørte faktisk tRNAscan-SE, og alle stammer har nøyaktig samme tRNA GCN som referansestammene, men dette er en konsekvens av monteringsprosessen.
Det høres ut som du burde prøve en De Novo-forsamling. Det kan være vanskelig siden du ikke har noen sammenkoblede data, men det kan være i stand til å oppdage nye romaner.
Jeg liker @bobthejoes forslag. Jeg hadde aldri tenkt at tRNAscan-SE skulle kjøres mot et samlet genom. Avhengig av størrelsen på lesingene dine i forhold til størrelsen på et typisk tRNA-gen, kan du kanskje legge inn lesningene i tRNAscan-SE. Hvis dekningen av hvert genom er dyp nok, kan du prøve de novo-monteringen. Kjør også de usamlede lesningene fra hver stamme gjennom tRANscan-SE - kanskje dette faktisk er de ekstra kopiene av tRNA-genene du søker. Til slutt, er det noen hull i en samling hvor kjente tRNA-gener er? Jeg tror fremdeles mitt forslag ville fungere.
Jeg tror ikke dekningen er dyp nok (1-4x) for de novo montering, men jeg vil prøve å kjøre tRNAscan-SE på usamlede lesninger og kanskje prøve å se om det er en forskjell i dekning av noen tRNA-gener som vil antyde at dupliserte gener er kartlagt på samme sted.
bobthejoe
2012-02-17 13:23:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg bruker en RNA-mikromatrise for å se på forskjellen i stedet for å sekvensere. Å delikat forsterke tRNAene dine på en upartisk måte ville være en vanskelig molekylærbiologisk innsats. Jeg ville ikke bli overrasket om det var påviselige og signifikante forskjeller. Disse eksperimentene vil være i stand til å bekrefte hypotesene dine om bias for kodonbruk.

Dataene jeg har er for over førti Sc-stammer, så det ville ikke være mulig å gjøre disse eksperimentene innenfor min tidsramme / budsjett. Jeg er begrenset til beregningsmessige tilnærminger, og mitt beste gjetning var at noen algoritmer for gjenkjenning av kopianummervariasjoner kunne brukes på rålestedataene.


ⓘ
Denne spørsmålet ble automatisk oversatt fra engelsk.Det opprinnelige innholdet er tilgjengelig på stackexchange, som vi takker for cc by-sa 3.0-lisensen den distribueres under.
Loading...